Día 2 · Bloque B · 60 min

Atlas celulares de célula única

Human Cell Atlas y CELLxGENE Discover
Jueves 4 de junio

Dra. Yalbi I. Balderas-Martínez
LABBIC · INER

Human Cell Atlas (HCA)

Un atlas de célula única de referencia de todas las células humanas.

• Consorcio internacional (desde 2016) que mapea todos los tipos celulares del cuerpo humano.
• Genómica de célula única y espacial; decenas de millones de células.
• Meta: un mapa de referencia para entender salud y enfermedad.

⏱ 1.5 min — El HCA es la iniciativa original (2016); el Mouse Cell Atlas (bloque C) es su contraparte en ratón. Aquí mostramos el lado humano. “Célula única” ya se definió en el bloque C; recordar la analogía (cada célula, no el promedio del tejido).

Cómo se mide · scRNA-seq

El método detrás del atlas:

• Disociar el tejido en células sueltas.
• Dar a cada célula un código de barras único.
• Secuenciar su ARN → una matriz célula × gen.

⏱ 1.5 min — Paralelo al Microwell-seq de Meza, pero general. Sin tecnicismos: una célula → un código → su ARN → una fila en la matriz. Es lo que alimenta el atlas.

CELLxGENE Discover · explorar

Plataforma libre del Chan Zuckerberg Initiative (CZI) para explorar y descargar datos de célula única — su visor es el análogo del UCSC Cell Browser del MCA.

• Mayor agregación estandarizada de datos single-cell (humano y ratón).
• Visor interactivo en cellxgene.cziscience.com: filtras por tejido, tipo celular o gen.
• Datos abiertos y descargables.

⏱ 1.5 min — Si hay tiempo, mostrar el explorador en vivo (cellxgene.cziscience.com). Es a HCA lo que el UCSC Cell Browser es al MCA: la ventana para mirar los datos sin código.

Buscar un gen: ¿en qué células?

Dada una lista de genes de una región: ¿en qué tipos celulares se expresan?

• Anotar tu propio scRNA-seq usando el HCA como referencia.
• ¿En qué célula se expresa mi gen? (p. ej. ELN en tejido elástico/vascular).
• Genes marcadores de cada tipo celular.

Nota

El complemento de expresión a las coordenadas y el cariotipo: del dónde está el gen al en qué célula actúa.

⏱ 1.5 min — Cierre del paralelo humano (espejo de “Buscar un gen” y “casos” del MCA). Conectar con el caso: ELN en el síndrome de Williams se expresa en tejido elástico/vascular.

Recursos

• Human Cell Atlas · https://www.humancellatlas.org
• CZ CELLxGENE Discover · https://cellxgene.cziscience.com
• UCSC Cell Browser · https://cells.ucsc.edu

Nota

La práctica de R (biomaRt, GenomicRanges, karyoploteR) y sus enlaces están en Recursos extras / faltantes, en video.

Receso · 10 min

La práctica con código (biomaRt, GenomicRanges, karyoploteR y los ejercicios) queda como recurso en video, en Recursos extras / faltantes.

Tras el receso (a las 12:50), el bloque C: del gen humano a su ortólogo en ratón, con fenotipos del knockout (IMPC) y tipos celulares (Mouse Cell Atlas).