Día 2 · Apertura · 30 min

Apertura del jueves

Repaso, agenda y setup de Google Colab
Jueves 4 de junio

Dra. Yalbi I. Balderas-Martínez
Ing. Luis Alberto Meza Cova
LABBIC · INER

Lo primero que haremos para comenzar el día

  • Verificar acceso a Google Colab (Python) — la práctica en vivo del bloque A
  • Ejecutar la primera celda de prueba
  • Resolver problemas individuales antes de empezar

Importante

Meta del día: no avanzamos al bloque A hasta que tengan el entorno de Colab funcional.

Nota

La práctica de R / Bioconductor en Posit Cloud (bloques B y C) quedó como recurso en video — la encuentras en Recursos extras / faltantes.

Recapitulación

Ya exploramos:

  • UCSC y Ensembl (navegadores)
  • DECIPHER, ClinVar, OMIM, DGV; criterios ACMG/ClinGen
  • MGI e IMPC (modelo murino)
  • Panorama de IA en citogenética

Hoy damos el salto al terreno computacional: IA y código.

Agenda del día

Hora Bloque Tema
10:00–10:30 Apertura Repaso, agenda y setup de Google Colab
10:30–10:45 Panorama IA aplicada a citogenética
10:45–11:30 A IA para cariotipo (práctica)
11:30–11:40 Receso 10 minutos
11:40–12:40 B R y Bioconductor + atlas celulares (HCA, CELLxGENE)
12:40–12:50 Receso 10 minutos
12:50–13:40 C Del gen humano al modelo murino
13:40–14:00 Cierre Caso integrador

Google Colab

  1. https://colab.research.google.com
  2. Iniciar sesión con cuenta Google
  3. Abrir el notebook del curso desde el enlace
  4. Archivo → Guardar una copia en Drive
  5. Ejecutar la primera celda
import sys, platform
print(f"Python: {sys.version}")
print(f"Plataforma: {platform.platform()}")

Problemas comunes

Síntoma Solución
El notebook no abre en Colab Abrir desde el enlace del curso
Colab pide auth de nuevo Refrescar la sesión Google
Primera celda tarda mucho Reintentar; si persiste, avisar
“Permission denied” al guardar Iniciar sesión Google

Tip

Si el problema persiste tras dos intentos, por favor comenten.

Cuando estén listos

Continuamos con el Panorama de IA en citogenética (15 min), que conecta directo con la práctica del bloque A.

Después del panorama:

  • Bloque A · IA para cariotipo en Colab (práctica en vivo)
  • Bloque B · R y Bioconductor: por qué con código y atlas celulares (HCA, CELLxGENE)
  • Bloque C · Del gen humano al modelo murino
  • Caso integrador
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